يعتبر قسم الكبد والجهاز الهضمي والامراض المتوطنة اكبر اقسام المعهد حيث يتكون من قسم المرضى الداخلي بالإضافة لعدد من الوحدات المتخصصة والعيادات الخارجية.
يقوم القسم بتوفير العديد من الخدمات الطبية عالية الجودة من خلال فريق طبي متعدد الخبرات والمهارات المتقدمة من الاستشاريين والاخصائيين وشباب الاطباء يخدم قطاع كبير من مرضى الكبد والجهاز الهضمي والامراض المتوطنة .