يقوم القسم بإجراء العديد من التحاليل الطبية الهامة والفحص الميكروسكوبي للعينات التي تسهل مهمة الفريق الطبي في تشخيص وعلاج العديد من الامراض الطفيلية والبكتيرية والفيروسية والفطرية وأيضا عمل المزارع المختلفة والحساسية مثل مزرعة البول والبراز والدم والبصاق لتحديد نوع الميكروب وتحديد العلاج الامثل.
التحاليل المتوفرة بالقسم تشمل أيضا الفحوصات الخاصة بالفيروسات مثل فيروس ب و سي والعديد من الفيروسات الأخرى عن طريق الاجسام المضادة بالإضافة الى عمل تحليل العد الكمي للفيروسات (تحليل بي سي أر PCR ).
يوفر أيضا القسم تحليل البول والبراز الكامل و تحليل جرثومة المعدة ودلالات الالتهاب في البراز (Calprotectin) الهام لمرضى التهاب الأمعاء المناعي.
تحاليل دلالات المناعة للعديد من الامراض المناعية مثل التهاب الكبد المناعي والتهاب الأمعاء المناعي كما يوفر القسم فحوص الدم لتشخيص مرض الملاريا والفحوص الخاصة بتشخيص الدرن.
هذا بالإضافة للمساهمة الفعالة للقسم في مبادرة رئيس الجمهورية الناجحة للقضاء على فيروس سي والمشاركة في العديد من الأبحاث والرسائل العلمية وتدريب الأطباء والفنيين.