على مدار سبعة عشر عامًا، يواصل المعهد تنظيم مؤتمره السنوي العلمي تحت مظلة الهيئة العامة للمستشفيات والمعاهد التعليمية، تأكيدًا لدوره الريادي في دعم التعليم الطبي المستمر وتبادل الخبرات.
ويتضمن المؤتمر ورش عمل تطبيقية متخصصة في أحدث تقنيات مناظير وجراحات الكبد والجهاز الهضمي، بمشاركة نخبة من الخبراء المصريين والأجانب بمختلف دول العالم (اليابان والهند والصين وإيطاليا)
لمناقشة أحدث المستجدات في طب وجراحة الكبد والجهاز الهضمي، وزراعة الكبد، والصيدلة الإكلينيكية، وهو ما يعكس الطفرة التدريبية والعلمية التي تشهدها الهيئة لرفع مستوى الخدمات الطبية المقدمة للمواطنين.حرصًا على نقل الخبرات الدولية وتعزيز التعاون العلمي.
توج هذا العمل الدؤوب المستمرتم اعتماد المؤتمر السادس عشر من المجلس الصحي المصري، بما يعزز الثقة في المستوى العلمي والتنظيمي الذي يقدمه المعهد عامًا بعد عام
تضمن المؤتمر السابع عشر برامج تدريبية معتمدة بواقع 6 ساعات بنظام (CPD/CME) من المجلس الصحي المصري
برنامج تدريبى يتركز على أحدث أساليب التغذية العلاجية لمرضى الكبد
برنامج تدريبى تشخيص وعلاج أمراض القولون المناعية
ويشارك في تقديمها نخبة من أساتذة الهيئة والجامعات المصرية، مع منح شهادات معتمدة رسميًا لدعم المسار المهني للمشاركين.