بدء برنامج زراعة الكبد بالمعهد عام 2013 وتم اجراء اول حالة زراعة كبد بالمعهد في 12 سبتمبر 2013 ليستكمل القسم مسيرته الحافلة في انقاذ العشرات من مرضى الكبد وتغيير مسار حياتهم حيث تمثل زراعة الكبد الحل الوحيد والجذري للعديد من المرضى مثل مرضى الكبد الغير متكافئ ومرضى اورام الكبد.
اصبح قسم زراعة الكبد منبعا للعديد من القصص المؤثرة والتضحيات بين المتبرعين والمرضى ذويهم ابطال هذه القصص أبناء وبنات يتبرعون بجزء من جسدهم لإنقاذ والديهم ازواج وزوجات اخوة واخوات كلهم يضحي من اجل من يحب.
يقدم القسم كافة أوجه الرعاية الطبية لمرضى زراعة الكبد من خلال فريق به نخبة من خبراء زراعة الكبد في مصر بداية من تحضير المريض والمتبرع للجراحة واجراء الجراحة والمتابعة الدقيقة للمريض والمتبرع سواء في المراحل المبكرة بعد الزراعة مع تطبيق كافة معايير مكافحة انتشار العدوى والمتابعة المستمرة بعد نجاح الجراحة من فحص طبي والتحاليل المعملية وكافة فحوص الاشعة لضمان افضل النتائج وأيضا صرف الادوية المطلوبة.
تقدم معظم هذه الخدمات على نفقة الدولة (فيما عدا الجزء الخاص بالتحضير).