يشكل برنامج مكافحة العدوي بالمعهد جزءاً أساسياً من برامج الاعتماد الصحية والتي تهدف إلي الحد من انتشار العدوي وتقديم خدمة طبيه نظيفة و آمنة للمرضى من خلال وضع ومتابعة السياسات والإجراءات التي تصف كيفية أداء الخدمة الطبية بشكل صحيح قبل و أثناء وبعد الإجراء الطبي وعمل ترصد يومي للعدوي بأقسام الرعاية والجراحة وعمل تقرير شهري بمعدلات العدوي بكل قسم.
كما يقوم افراد الفريق بالمرور اليومي علي جميع الأقسام وعمل تقييم شهري لكل اقسام المعهد و تدريب جميع العاملين بالمعهد من أطباء وتمريض وعمال ومتابعة توفير مستلزمات مكافحة العدوي والتعقيم المركزي بالمخازن.
كما يشكل الفريق جزء من لجنة فحص الواقيات الشخصية والمطهرات ومستلزمات قسم التعقيم المركزي.
ومن أهم ما يقوم به قسم مكافحة العدوي هو الإشراف المباشر علي قسم التعقيم المركزي ، حيث يقوم القسم بمتابعة توفير جميع مستلزمات التعقيم والاختبارات اللازمة لضمان كفاءة عملية التعقيم وكل ما يلزم لضمان تحقيق الجودة.