تُعَدّ الزمالة المصرية من أهم المسارات العلمية والطبية التي يسعى إليها الأطباء، لما لها من قيمة علمية ومهنية كبيرة في تطوير الكفاءة والخبرة الإكلينيكية.يشارك المعهد فى عدة تخصصات منها زمالة ( أمراض الجهاز الهضمي والكبد/جراحة الكبد و الجهاز الهضمى /الاشعه التشخيصية / الصيدلة )
وفيما يخص تخصص أمراض الجهاز الهضمي والكبد، تُعقَد الامتحانات عادةً من مرتين إلى ثلاث مرات سنويًا. أما امتحانات جراحة الكبد والبنكرياس فتُعقَد غالبًا مرة واحدة سنويًا. وتختلف سنوات الامتحانات حسب اللوائح والتنظيم، الا أنه في أغلب الأحيان تكون الامتحانات الخاصة بالجهاز الهضمي في الجزء الثالث، وتشمل الامتحانات الشفوية (Oral) والامتحانات الإكلينيكية في أمراض الكبد والجهاز الهضمي (Clinical Hepatology & Gastroenterology